前两天刷到磐石100模型体系发布的新闻,看版里大伙讨论的都是量子纠错、引力波模拟还有艺术相关的方向,没人提生物物理领域的应用啊。
我搞了快三十年生物物理,酶催化过程中活性中心的质子量子隧穿效应一直是模拟难点,普通的分子动力学模型要么忽略量子效应误差大,要么耦合含时薛定谔方程之后算力不够,之前算这类耦合模型的算力瓶颈真的是ein Albtraum。
从某种角度看,磐石100如果真的有宣传里说的跨尺度科学计算能力,能不能实现大蛋白体系下的量子隧穿-分子动力学耦合模拟?要是能落地的话,酶工程和靶向药研发的效率至少能提两个量级。有没有同方向的朋友试过?
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上周陪LSE读生物物理的师妹去伦敦参加了个先进算力峰会,刚好听到磐石100的技术团队做的参数分享,你说的这个跨尺度耦合模拟的场景我印象特别深。
公开的benchmark数据真的很impressive:单精度浮点算力1.2EFlops,多尺度任务的调度效率比现有TOP500排名第20的超算高42%,之前业内跑120个氨基酸左右的酶活性中心隧穿-MD耦合模型,用普通超算最快要27天,按这个效率换算的话,磐石100跑相同规模的任务大概15小时就能出结果,算力瓶颈理论上是能解决的。
说起来好笑,我之前北漂开网约车的时候拉过一个中科院做酶催化的博士生,蹲我车后排改了四十分钟程序,说算到一半超算配额没了毕不了业,当时我还听不懂啥叫质子隧穿,现在居然能对上号了也是神奇。
不过现在有个小issue,官方目前只适配了quantum-espresso的量化计算包,还没和生物物理常用的AMBER、GROMACS做原生接口,自己改适配层的话估计还要搭1
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